Północna część Macedonii znajduje się w rejonie klimatu umiarkowanego kontynentalnego, a południe pozostaje pod wpływem klimatu śródziemnomorskiego. Lato jest przeważnie długie, gorące i suche, a zimy często bywają chłodne z temperaturami w styczniu wahającymi się od -3 do +4 °C. Opady deszczu występują w Macedonii przeważnie w maju i czerwcu oraz jesienią (pomiędzy październikiem a grudniem). Tereny górskie cechują się klimatem umiarkowanym, zaś obszary gdzie występują wysokie góry to region występowania pięter klimatycznych. W okresie zimowym w górach leży bardzo dużo śniegu. Niczym nadzwyczajnym nie jest tu także pokrywa śniegu o grubości od 70 do 100 cm. Powyżej 2000 metrów n.p.m. śnieg często utrzymuje się aż do czerwca. Latem na terenach niżej położonych (m.in. okolice Skopje) temperatury są wysokie i średnie wartości wynoszą 31 °C. Często też zdarzają się upały sięgające nawet 40 °C.
